1983年9月に設置、11月に奉献されました。日本でも珍しいフランス・クラシック・タイプのオルガンで、4段鍵盤・31ストップ、大小のパイプ　2,200本から構成されています。高さ11ｍ、幅約4ｍと大きさは中規模ですが、音響の美しさは抜群で、18世紀の音色を正確に再現します。製作者はマルク・ガルニエ氏（Marc　Garnier　フランス・オルガン建造家協会名誉会長）です。これまでにトン・コープマンをはじめ、マリー=クレール・アラン、ピート・ケー、ミシェル・シャピュイ、ミヒャエル・ラドレスク、ハラルド・フォーゲル、鈴木雅明等世界の名オルガニストが演奏しました。又、コンサートのみならず、授業として学生がオルガンを学ぶことができます。また、本学では、マルク・ガルニエ工房によるポジティフ・オルガン（4ストップ）、練習用オルガン（2段鍵盤ペダル付、3×3ストップ）と辻宏氏製作の練習用オルガン（2段鍵盤ペダル付、4ストップ、プルダウン）も設置し、練習やアンサンブル、小礼拝などでも活用しています。

礼拝の場としてふさわしく、且つオルガンの設置を前提として、ヨーロッパの聖堂のように、あたかも天から歌声やオルガンの響きが降り注ぐような効果を目指して特別な音響設計が施されました。設計当時、日本ではこのような残響の多い音響設計は前例がなく、オルガン設置の牽引車であった故平島達司教授と設計・施工担当の竹中工務店がヨーロッパの約90の教会の音響を実際に測定し、その結果をもとに設計されました。低音の響きすぎを抑えるため、壁面上部にあるスリット（隙間）から砂を入れ、砂の量で残響を調節したことにより理想の残響特性を確保しています。
世界でも高い評価を得ているバロックの演奏団体《バッハ・コレギウム・ジャパン》のCD 録音が行われており、チャペルの音響はCDのクオリティーにも大きく貢献しています。また、神戸ルミナリエの演出音楽の録音も本学チャペルで行われていました。